สำนักงานคลังเขต ๒ ในปัจจุบันเป็นราชการบริหารส่วนกลางที่ตั้งอยู่ในส่วนภูมิภาค สังกัดกรมบัญชีกลาง กระทรวงการคลัง จากหลักฐานเอกสารต่างๆ ก่อนจะได้ชื่อเป็น “สำนักงานคลังเขต” ได้มีการเรียกชื่อเป็นอย่างอื่นมาหลายชื่อ กล่าวคือ ก่อนปี พ.ศ.๒๔๙๕ เรียกว่า “สำนักงานข้าหลวงตรวจการคลังภาค” ต่อมาในปี พ.ศ.๒๔๙๕ ได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการในกรมบัญชีกลางใหม่ ซึ่งประกาศในราชกกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๓๐ พฤษภาคม ๒๔๙๕ ในราชการบริหารส่วนภูมิภาคกำหนดให้มี “คลังภาค” ขึ้น ๙ ภาค มีหน้าที่ตรวจตราชี้แจง แสดงความเห็น สั่งกระทำ และปฏิบัติราชการตามกฏหมาย ระเบียบแบบแผนคำสั่ง หรือคำวินิจฉัยของกรมบัญกลางและกระทรวงการคลัง มีหน้าที่บังคับบัญชาคลังจังหวัด คลังอำเภอภายในภาค รวมทั้งเป็นเจ้าหน้าที่ช่วยเหลือผู้ว่าราชการภาคอันเป็นหน้าที่ของกรมบัญชีกลางในภาคนั้น

            ต่อมาใน พ.ศ. ๒๕๐๐ ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการในกรมบัญชีกลางขึ้นใหม่ โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๖ สิงหาคม ๒๕๐๐ เปลี่ยนชื่อ “คลังภาค” เป็น “คลังเขต” ขึ้นกับราชการบริหารส่วนกลาง ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๑๐ ตำแหน่งคลังเขตได้เลื่อนฐานะเป็นชั้นพิเศษ เรียกชื่อ “ผู้อำนวยการคลังเขต” จนกระทั่งในปี พ.ศ. ๒๕๑๖ มีการตั้งกองตรวจงานคลังขึ้นในกรมบัญชีกลางจึงเปลี่ยนชื่อสำนักงานคลังเขต เป้นสำนักงานตรวจงานคลังขึ้นตรงกับกองตรวจงานคลัง เรียกตำแหน่งหัวหน้าส่วนราชการว่า “หัวหน้าสำนักงานคลังตรจงานคลัง” สุดท้ายได้เปลี่ยนกลับมาเป็นสำนักงานคลังเขตอีกครั้งหนึ่งตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๒๖ ตลอดมาจนถึงปัจจุบัน

            แต่เดิมนั้นสำนักงานคลังเขต ๒ มีที่ทำการอยู่บนศาลากลางจังหวัดฉะเชิงเทรา (หลังเก่า) เนื่องจากที่ทำการเดิมคับแคบ ประกอบการมีบุคคลากรเพิ่มมากขึ้นตามภาระหน้าที่ความรับผิดชอบทั้งยังเป็นส่วนราชการสังกัดส่วนกลางมิได้สังกัดจังหวัด จึงสมควรขยับขยายที่ทำการใหม่ ดังนั้นในงบประมาณ พ.ศ.๒๕๓๖ จึงได้มีการดำเนินการก่อสร้างอาคารสำนักงานคลังเขต ๒ แห่งใหม่ เริ่มก่อสร้างเมื่อ ๑ เมษายน พ.ศ.๒๕๓๖  บนเนื้อที่ ๑๖๔๕.๑๒ ตารางวา โดยเช่าเนื้อที่ของสำนักงานทรัพย์สินพระมหากษัตริย์ แปลงหมายเลขที่ ๒ โฉนดที่ ๖๐๗๐ เลขที่ดิน ๑๕๒ แล้วเสร็จเมื่อเดือน กรกฎาคม ๒๕๓๖ เสียค่าใช้จ่ายในการก่อสร้างรวมค่าปรับปรังบริเวณเป็นเงิน ๒,๖๐๐,๐๐๐ บาท (สองล้านหกแสนบาทถ้วน) เมื่อได้ก่อสร้างเรียบร้อยแล้ว จึงได้มีการย้ายสำนักงานมาปฏิบัติราชการ ณ อาหารสำนักงานคลังเขต ๒ แห่งใหม่และมีการเปิดสำนักงานแห่งใหม่เมื่อวันที่ ๒๒ กรกฎาคม ๒๕๓๖ ได้มีการเช่าที่ทรัพย์สิน

            ทั้งนี้สำนักงานคลังเขต ๒ แห่งใหม่ได้มีผู้ดำรงตำแหน่งในขณะนั้น คือ นางนิรมน โรจนพงศ์ ตำแหน่ง คลังเขต ๒ และนายบุญเลิศ มิตรอุปถัมภ์ ตำแหน่ง  ผู้ช่วยคลังเขต ๒ โดยสำนักงานคลังเขต ๒ มีพื้นที่รับผิดชอบทั้งหมด ๙ จังหวัด ประกอบด้วย จังหวัดฉะเชิงเทรา จังหวัดชลบุรี จังหวัดระยอง จังหวัดจันทบุรี จังหวัดตราด จังหวัดปราจีนบุรี จังหวัดนครนายก จังหวัดสระแก้วและจังหวัดสมุทรปราการ