สำนักงานคลังจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ เป็นหน่วยงานในสังกัดกรมบัญชีกลาง กระทรวงการคลัง จัดตั้งเมื่อปี พ.ศ.2460 สำนักงานคลังจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ตั้งอยู่ในอาคารศาลากลางจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ (ชั้น 1) ถนนสละชีพ ตำบลประจวบฯ อำเภอเมือง จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ มีหน้าที่หลักในการตรวจและอนุมัติฎีกา การบริหารเงินคงคลัง และทำหน้าที่ผู้แทนธนาคารแห่งประเทศไทย โดยการรับ-จ่ายแลกธนบัตรแก่ประชาชนและธนาคารในจังหวัด ต่อมาเมื่อมีการปฏิรูปราชการ ตั้งแต่ปี 2545 เป็นต้นมา

            บทบาทหน้าที่ของสำนักงานคลังจังหวัดได้เปลี่ยนแปลงไป โดยเน้นงานวิชาการและการบริการมากขึ้น และมติคณะรัฐมนตรี เมื่อ 30 กันยายน 2546 เห็นชอบการปรับบทบาทคลังจังหวัดเป็นผู้บริหารการคลังประจำจังหวัด (Chief Financial Officer : CFO) ต่อมาในวันที่ 1 พฤศจิกายน 2547 จึงได้ส่งคืนภารกิจในฐานะผู้แทนธนาคารแห่งประเทศไทย ให้แก่ธนาคารแห่งประเทศไทยอย่างเป็นทางการและเพิ่มบทบาทด้านวิชาการและการบริการมากขึ้น ซึ่งได้ปฏิบัติมาจนถึงทุกวันนี้