สำนักงานคลังจังหวัดแม่ฮ่องสอน เป็นส่วนราชการส่วนภูมิภาค สังกัดกรมบัญชีกลาง กระทรวงการคลัง ตั้งอยู่ที่ศาลากลางจังหวัดแม่ฮ่องสอน ถ.ขุนลุมประพาส อ.เมือง จ.แม่ฮ่องสอน ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2453 เมื่อรัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯ ย้ายที่ว่าการแขวงจากเมืองยวม มาตั้งที่แม่ฮ่องสอนและให้ชื่อว่า “จังหวัดแม่ฮ่องสอน” แล้วโปรดเกล้าฯให้พระศรสุรราช (เปลื้อง) มาปกครองเมืองแม่ฮ่องสอน โดยคลังจังหวัด มีหน้าที่ตรวจจ่ายเงินตามฎีกาที่ตั้งเบิก เก็บรักษาเงินแผ่นดินและสมบัติทางราชการ รับเงินผลประโยชน์ที่เจ้าหน้าที่ต่างๆนำส่ง