สำนักงานคลังจังหวัดจันทบุรี ในอดีตเป็นคลังมณฑลจันทบุรี สังกัดกรมสารบาญชี กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.๒๔๖๐ มีหน้าที่รับผิดชอบรับ-จ่าย และรักษาเงินแผ่นดิน และถือสารบาญชีพระราชทรัพย์ทั้งสิ้น ดูแลรับผิดชอบ ๓ จังหวัด ได้แก่ จันทบุรี ระยอง และตราด จนกระทั่งในปี พ.ศ.๒๔๗๖ ได้มีการจัดระเบียบบริหารส่วนภูมิภาคเป็นจังหวัดและอำเภอ เพื่อกระจายอำนาจให้แก่ส่วนภูมิภาค จึงได้มีการยกเลิกการปกครองแบบมณฑลเป็นจังหวัด ทำให้คลังมณฑลจันทบุรี เปลี่ยนเป็นคลังจังหวัดจันทบุรี มีหน้าที่รับผิดชอบควบคุมการรับและจ่ายเงิน ตลอดจนทำบัญชีและรายงานต่างๆ เสนอกรม รวมทั้งการเป็นผู้แทนธนาคารแห่งประเทศไทย ตามพระราชกฤษฎีกาการจัดวางระเบียบราชการสำนักงานและกรมในกระทรวงการคลัง และในปี พ.ศ.๒๕๑๖  ได้เปลี่ยนชื่อจาก คลังจังหวัดจันทบุรี เป็น สำนักงานคลังจังหวัดจันทบุรี สังกัดกรมบัญชีกลาง กระทรวงการคลัง ซึ่งในปี พ.ศ.๒๕๔๘ ได้มีการปรับบทบาทสำนักงานคลังจังหวัด โดยไม่ได้ปฏิบัติงานด้านผู้แทนธนาคารแห่งประเทศไทยแล้ว เนื่องจากมีการปฏิรูประบบราชการ ทำให้การรับ-จ่ายเงินเปลี่ยนระบบกระดาษเป็นระบบอิเล็กทรอนิกส์

            ในปัจจุบันสำนักงานคลังจังหวัดจันทบุรี ตั้งอยู่ที่ศาลากลางจังหวัดจันทบุรี (หลังเก่า) ถนนเลียบเนียน ตำบลวัดใหม่ อำเภอเมืองจันทบุรี จังหวัดจันทบุรี โดยมีผู้ดำรงตำแหน่งคลังมณฑลจันทบุรีคนแรกคือ หลวงสารกธนราช ดำรงตำแหน่งเมื่อปี พ.ศ.๒๔๖๐ และผู้ดำรงตำแหน่งคนปัจจุบัน คือ นางอนงค์น้อย  หนูเจริญ