กรมบัญชีกลาง สังกัดกระทรวงการคลัง ถือกำเนิดขึ้นโดยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้ตราพระราชบัญญัติพระธรรมนูญ หน้าที่ราชการในกระทรวงการคลังมหาสมบัติ ให้มีกรมสารบาญชี เมื่อวันที่ ๗ ตุลาคม ร.ศ.๑๐๙ (พ.ศ.๒๔๓๓) สำหรับจ่ายเงินแผ่นดินและถือเป็นสารบาญชีพระราชทรัพย์ทั้งสิ้น ต่อมาปี พ.ศ.๒๔๗๖ มีการออกราชพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการสำนักงานและกรมบัญชีในกระทรวงการคลังขึ้นใหม่ โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๓๐ มกราคม พ.ศ.๒๔๗๖ มีการแบ่งส่วนราชการกรมบัญชีกลาง เป็นราชการบริหารส่วนกลาง และราชการบริหารส่วนภูมิภาคสำหรับราชการบริหารส่วนภูมิภาคนั้นกำหนดให้มีคลังจังหวัดขึ้น ดังนั้น คลังจังหวัดต่างๆในประเทศไทยจึงมีการจัดตั้งขึ้นเมื่อปี ๒๔๗๖ เป็นต้นมา

            ในปี พ.ศ.๒๔๙๕ ได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการในกรมบัญชีกลางใหม่ซึ่งประกาศราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๓๐ พฤษภาคม ๒๔๙๕ สำหรับราชการบริหารส่วนภูมิภาค กำหนดให้มีคลังภาคขึ้น โดยให้คลังภาคมีหน้าที่ตรวจตรา ชี้แจง แสดงความเห้น สั่งกระทำและปฏิบัติราชการตามกฏหมายระเบียบแบบแผน คำสั่งหรือคำวินิจฉัยของกรมบัญชีกลางและกระทรวงการคลัง มีหน้าที่บังคับบัญชาคลังจังหวัด และคลังอำเภอภายในภาค เป็นเจ้าหน้าที่ช่วยเหลือผู้ว่าราชการภาคในการปฏิบัติควบคุมราชการอันเป็นหน้าที่ของกรมบัญชีกลางในภาคนั้นๆ โดยมีสำนักงานคลังภาคตั้งอยู่ ณ จังหวัดต่างๆ สำหรับคลังภาค ๖ ตั้งอยู่ที่จังหวัดพิษณุโลก

            ต่อมาในปี พ.ศ.๒๕๐๐ ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการในกรมบัญชีกลางขึ้นใหม่ โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๖ สิงหาคม พ.ศ.๒๕๐๐ เปลี่ยนชื่อคลังภาคเป็นคลังเขต กำหนดให้คลังเขตเป็นราชการบริหารส่วนกลาง และมีคลังจังหวัดและคลังอำเภอเป้นส่วนราชการบริหารส่วนภูมิภาคเช่นเดิม

            สำนักงานคลังเขต ๖ เดิมมีที่ทำการอยู่ในศาลากลางจังหวัดพิษณุโลก สำหรับเป็นสำนักงานและปฏิบัติราชการติดต่อเป้นระยะเวลายาวนาน จนกระทั่งถึงปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๓๖ กรมบัญชีกลางได้เล็งเห็นว่า สำนักงานคลังเขต ๖ มีหน้าที่บังคับบัญชาสำนักงานคลังจังหวัดถึง ๘ จังหวัด ๙ สำนักงานคลังควรจะได้มีอาคารสำนักงานของตนเอง ประกอบกับมีงานในด้านการพัฒนาบุคลากร ด้านการเงินการคลังและการบัญชีของส่วนราชการให้มีคุณภาพ จำเป็นต้องมีอาคารโดยเฉพาะ จึงจัดสรรเงินงบประมาณสำหรับดำเนินการก่อสร้าง โดยทำการก่อสร้างอาคารขึ้นเมื่อวันที่ ๗ สิงหาคม ๒๕๓๖ ทำการก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ ๓๑ สิงหาคม ๒๕๓๗ ใช้เงินงบประมาณทั้งสิ้น ๘,๑๓๐,๐๐๐.- บาท (แปดล้านหนึ่งแสนสามหมื่นบาทถ้วน) และได้ย้ายสำนักงานจากศาลากลางจังหวัดพิษณุโลกมาปฏิบัติราชการ ณ สำนักงานคลังเขต ๖ เลขที่ ๑๒๓ หมู ๔ ตำบลหัวรอ อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก รหัสไปรษณีย์ ๖๕๐๐๐